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ORCA on MASAMUNE-IMR

まとめ

東北大学金属材料研究所計算材料学センターのスーパーコンピュータである MASAMUNE-IMR で ORCA 5.0.4 を実行する方法．

環境

スパコン

MASAMUNE-IMR アクセラレータサーバ

ORCA

5.0.4

OpenMPI

4.1.1

手順

ORCA と OpenMPI のインストール

  1. ORCA (orca_5_0_4_linux_x86-64_shared_openmpi411.tar.xz) を $HOME/src/ にダウンロードして，展開し，$HOME/bin/orca/ にすべて移動．

  2. OpenMPI 4.1.1 を $HOME/src/ にダウンロードして，$HOME/src/openmpi-4.1.1 に展開する．

  3. module purge を実行する．

  4. mkdir $HOME/.local とする．

  5. ./configure --prefix=$HOME/.local/openmpi としてから，make install でコンパイルとインストール．

PBS 経由での ORCA の実行例

  1. 例えば，$HOME/orca/water/water.inp として以下のファイルを作る．

! HF DEF2-SVP

%pal
   nprocs 36
end

* xyz 0 1
O   0.0000   0.0000   0.0626
H  -0.7920   0.0000  -0.4973
H   0.7920   0.0000  -0.4973
*

  1. 例えば，$HOME/orca/water/orca.sh として以下のファイルを作る．

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q C_002
#PBS -N ORCA

# Load module
module purge

# OpenMPI Settings
MPIROOT=$HOME/.local/openmpi

PATH=$MPIROOT/bin:$PATH
LD_LIBRARY_PATH=$MPIROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH
MANPATH=$MPIROOT/share/man:$MANPATH

export MPIROOT PATH LD_LIBRARY_PATH MANPATH
export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1
export OMPI_MCA_btl_openib_if_include="mlx5_0:1"
export NO_STOP_MESSAGE=yes
# end OpenMPI Settings

# ORCA Settings
ORCA=$HOME/bin/orca

PATH=$ORCA:$PATH
LD_LIBRARY_PATH=$ORCA:$LD_LIBRARY_PATH

export PATH LD_LIBRARY_PATH
# end ORCA Settings

cd $PBS_O_WORKDIR

export JOBNAME=water

$HOME/bin/orca/orca $JOBNAME.inp "--oversubscribe -hostfile $PBS_NODEFILE" > $JOBNAME.out

  1. qsub orca.sh を実行すれば，36 コアの並列計算で水の一点計算が行われる．