ORCA on MASAMUNE-IMR

ASAKURA, Hiroyuki

2023-12-25 12:03

まとめ

東北大学金属材料研究所計算材料学センターのスーパーコンピュータである MASAMUNE-IMR で ORCA 5.0.4 を実行する方法．

環境

スパコン	MASAMUNE-IMR アクセラレータサーバ
ORCA	5.0.4
OpenMPI	4.1.1

手順

ORCA と OpenMPI のインストール

ORCA (orca_5_0_4_linux_x86-64_shared_openmpi411.tar.xz) を $HOME/src/ にダウンロードして，展開し，$HOME/bin/orca/ にすべて移動．
OpenMPI 4.1.1 を $HOME/src/ にダウンロードして，$HOME/src/openmpi-4.1.1 に展開する．
module purge を実行する．
mkdir $HOME/.local とする．
./configure --prefix=$HOME/.local/openmpi としてから，make install でコンパイルとインストール．

PBS 経由での ORCA の実行例

例えば，$HOME/orca/water/water.inp として以下のファイルを作る．

! HF DEF2-SVP

%pal
   nprocs 36
end

* xyz 0 1
O   0.0000   0.0000   0.0626
H  -0.7920   0.0000  -0.4973
H   0.7920   0.0000  -0.4973
*

例えば，$HOME/orca/water/orca.sh として以下のファイルを作る．

#!/bin/sh
#PBS -l select=1
#PBS -q C_002
#PBS -N ORCA

# Load module
module purge

# OpenMPI Settings
MPIROOT=$HOME/.local/openmpi

PATH=$MPIROOT/bin:$PATH
LD_LIBRARY_PATH=$MPIROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH
MANPATH=$MPIROOT/share/man:$MANPATH

export MPIROOT PATH LD_LIBRARY_PATH MANPATH
export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1
export OMPI_MCA_btl_openib_if_include="mlx5_0:1"
export NO_STOP_MESSAGE=yes
# end OpenMPI Settings

# ORCA Settings
ORCA=$HOME/bin/orca

PATH=$ORCA:$PATH
LD_LIBRARY_PATH=$ORCA:$LD_LIBRARY_PATH

export PATH LD_LIBRARY_PATH
# end ORCA Settings

cd $PBS_O_WORKDIR

export JOBNAME=water

$HOME/bin/orca/orca $JOBNAME.inp "--oversubscribe -hostfile $PBS_NODEFILE" > $JOBNAME.out

qsub orca.sh を実行すれば，36 コアの並列計算で水の一点計算が行われる．

The first step to use graph macro

ASAKURA, Hiroyuki

2017-06-12 22:10

まとめ

Igor Pro によるグラフマクロの使い方の初歩

環境

OS	Windows 10 Pro
Igor Pro	6.37

最近のものであれば問題ないはず．

グラフの作成

以下のスクリーンショットは英語版ですが，適宜読み替えてください．

データをプロットする

/images/igorprostylemacro/01-130430-CeO2.png

適当にスタイルを調整する

/images/igorprostylemacro/02-130430-CeO2_styled.png

グラフマクロの作成

ウィンドウコントロールを表示させ (Ctrl キーを押しながら，Y で表示)，Style Name を決めて "Create Style Macro" にチェックを入れて，実行 (Do it)．

/images/igorprostylemacro/03-WindowControl.png

作成したグラフマクロが記録されていることを Procedure windows で確認（Ctrl キーを押しながら，M で表示）

/images/igorprostylemacro/04-ProcedureWindow.png

上で決めたグラフマクロの名前が，Graph → Graph Macro にあることを確認

/images/igorprostylemacro/05-GraphMacro.png

別のグラフの作成

別のデータをプロットする

/images/igorprostylemacro/06-130430_Y2O3.png

スタイルが変更されていないグラフを選択した状態で，グラフマクロを実行する

Window → Graph Macro の XRDStyle を実行

/images/igorprostylemacro/07-130430-Y2O3_styling.png

すると，XRDStyle マクロが適用される．

/images/igorprostylemacro/08-130430-Y2O3_styled.png

作成したグラフマクロを別のファイル（Igor で言うところのエクスペリメントファイル）で使う

Procedure windows からグラフマクロをコピーする

以下は，例．

Proc XRDStyle() : GraphStyle
   PauseUpdate; Silent 1             // modifying window...
   ModifyGraph/Z gFont="Arial",gfSize=12,width={Aspect,1.41},height=226.772
   ModifyGraph/Z tick=1
   ModifyGraph/Z mirror=2
   ModifyGraph/Z fStyle=1
   Label/Z left "Intensity (cps)"
   Label/Z bottom "2 theta / degree"
EndMacro

Procedure windows からグラフマクロをコピーする．

上記の文字列（あくまで，例．）をコピーして，メモ帳に開いて，XRDStyle.ipf という名前で保存する．

/images/igorprostylemacro/09-XRDStyle.ipf.png

/images/igorprostylemacro/10-XRDStyle.ipf_save.png

XRDStyle.ipf を Igor Procedure に保存する

エクスプローラで

%userprofile%\documents\WaveMetrics\Igor Pro 6 User Files\Igor Procedures

を開いて，XRDStyle.ipf を移動する．

/images/igorprostylemacro/11-XRDStyle.ipf_move.png

Igor Pro を終了する．

新しいファイル（エクスペリメントファイル）で XRDStyle を使う

Igor Pro を起動する．
適当なデータを読み込んで，プロットする．

XRDStyle グラフマクロを実行する

Window → Graph Macro の XRDStyle を実行

Build Qt 5.2.1 64 bit on Windows 7

ASAKURA, Hiroyuki

2015-12-13 19:19

まとめ

MinGW 64 bit を利用して 64 bit 版の Qt 5 をコンパイルし，これを使って簡単なプロジェクトのコンパイル及び他の PC へのデプロイ方法を紹介します．

前置き

Build Qt 5 from Git を読むのが最も効率がよいと思います．また，以下のポストなどを読む方がよいでしょう．

参考にしたブログなど

テスト環境

Windows 7 Professional 64 bit (日本語版)
MinGW 64 bit (gcc 5.2.0)
Strawberry perl (5.22.0.1, 64bit)
Git for Windows (2.6.3, 64bit)
Qt (5.2.1)
icu (56.1)

必要なソフトのインストール

既にインストールされているソフトを改めてインストールする必要はありませんが，もし，何らかの問題がある場合は，再インストールすると，問題が解決するかもしれません．

MinGW 64 bit のインストール

mingw-w64 の Downloads にある Mingw-builds のリンクから，Web インストーラ，mingw-w64-install.exe をダウンロードして，実行．
Architecture を x86_64 に変更．（Exception が seh になる．）
Destination folder を C:\Program Files\mingw-w64\x86_64-5.2.0-posix-seh-rt_v4-rev1 から C:\mingw-w64\x86_64-5.2.0-posix-seh-rt_v4-rev1 に変更して，インストール．

Version: 5.2.0
Architecture: x86_64
Threads: posix
Exception: seh
Build revision: 1
Destination folder: C:\mingw-w64\x86_64-5.2.0-posix-seh-rt_v4-rev1

Git for Windows のインストール

Downloading Git から Git-2.6.3-64-bit.exe をダウンロードして，実行．
インストールオプションは何でも構わないが，例えば，以下の通りに設定してインストール．（但し，USERNAME は Windows のログイン名）

Destination Location: C:\Users\USERNAME\AppData\Local\Programs\Git
Components: Associate... の2つだけにチェック
Start Menu Folder: そのまま
Adjusting your PATH environment: Use Git from the Windows Command Prompt
Choosing the SSH executable: Use OpenSSH
Configuring the line ending conversions: Checkout as-is, commit as-is
Configuring the terminal emulator to use with Git Bash: Use MinTTY

Python 2.7.11 (64 bit) のインストール

Python 公式ページの Python のダウンロードページから 64 bit 版の python-2.7.11.amd64.msi をダウンロードして，インストール．その際に，"Add python.exe to Path" のオプションをつけること．

Strawberry Perl のインストール

Strawberry Perl の公式ページから Strawberry Perl 5.22.0.1 (64 bit) をダウンロードしてインストール．

Ruby のインストール

Ruby-2.2.0 (x64) Microsoft Installer Package をダウンロードしてインストール．

環境変数の設定

ユーザ環境変数 PATH に少なくとも以下のものが同じ順序で並んでいることを確認する（但し，USERNAME は Windows のログイン名）．これらの path は各ソフトのインストール時にシステム環境変数の PATH に設定されていることがあるが，以降は，システム環境変数からは消して，ユーザ環境変数に設定したものと見なす．

C:\Python27\;
C:\Python27\Scripts;
C:\Strawberry\c\bin;
C:\Strawberry\perl\site\bin;
C:\Strawberry\perl\bin;
C:\Users\USERNAME\AppData\Local\Programs\Git\cmd;
C:\Users\USERNAME\AppData\Local\Programs\Git\usr\bin;
C:\Qt\5.2.1\bin;
C:/icu/lib

ユーザ環境変数 LIB に

C:/icu/lib

を設定する．

ユーザ環境変数 INCLUDE に

C:/icu/include

を設定する．

他のソフトをインストールしている関係で何らかの開発環境が入っているとうまく動作しない可能性があります．

Qt 5 のダウンロード

コマンドプロンプトを開いて，以下の通り，qt5 をダウンロードする．Qt 5 の最新版は，5.6 ですが，ここでは問題なくデプロイできることを確認している 5.2.1 をコンパイルします．init-repository はかなり時間がかかるので，これを待ちながら，次に示す依存ライブラリ icu をインストールします．

mkdir src
cd src
git clone git://git.qt-users.jp/mirror/qt/qt5.git
cd qt5
git checkout -b 5.2.1 refs/tags/v5.2.1
perl init-repository --no-webkit

icu のダウンロード

icu は，Qt の多言語化機能で利用されている Unicode ライブラリで，翻訳機能を利用している場合は必須．

ICU - International Components for Unicode の Downloads から icu4c-56_1-src.zip をダウンロードして，先の src フォルダに展開．（例えば，%HOME%\src\icu ）

icu のコンパイル

スタートメニューの MinGW-W64 project の Run terminal でコマンドプロンプトを起動．(重要）

cd C:\Users\USERNAME\src\icu\source
set MSYSTEM=MINGW64 && sh runConfigureICU MinGW prefix=C:/icu
mingw32-make
mingw32-make install

Qt 5.2.1 (64 bit) のコンパイル

スタートメニューの MinGW-W64 project の Run terminal でコマンドプロンプトを起動．(重要）

cd C:\Users\USERNAME\src\qt5
set PATH=%PATH%;C:\Users\USERNAME\src\qt5\qtbase\bin;C:\Users\USERNAME\src\qt5\qtrepotools\bin;C:\Users\USERNAME\src\qt5\gnuwin32\bin
configure -prefix C:\Qt\5.2.1 -debug-and-release -opensource -confirm-license -platform win32-g++ -c++11 -opengl desktop -nomake tests -nomake examples
mingw32-make
mingw32-make install

AH's website

言語：

ORCA on MASAMUNE-IMR

まとめ

環境

手順

ORCA と OpenMPI のインストール

PBS 経由での ORCA の実行例

The first step to use graph macro

まとめ

環境

グラフの作成

グラフマクロの作成

別のグラフの作成

作成したグラフマクロを別のファイル（Igor で言うところのエクスペリメントファイル）で使う

新しいファイル（エクスペリメントファイル）で XRDStyle を使う

Build Qt 5.2.1 64 bit on Windows 7

まとめ

前置き

参考にしたブログなど

テスト環境

必要なソフトのインストール

MinGW 64 bit のインストール

Git for Windows のインストール

Python 2.7.11 (64 bit) のインストール

Strawberry Perl のインストール

Ruby のインストール

環境変数の設定

Qt 5 のダウンロード

icu のダウンロード

icu のコンパイル

Qt 5.2.1 (64 bit) のコンパイル